A Comissão Geral de Inquérito, instalada pelo Exército para investigar e acusar os opositores do golpe militar (o alvo principal eram os comunistas), acolheu uma denúncia de que Aluízio teria enriquecido ilegalmente, à custa do governo, usando a TRIBUNA DO NORTE para lavar dinheiro desviado. Os livros de contabilidade do jornal, documentos jurídicos e várias coleções da TRIBUNA DO NORTE foram apreendidos. Alguns jamais foram devolvidos.
A investigação provou, depois, que a cotidiana publicidade que a TRIBUNA DO NORTE fazia do governo jamais fora cobrada aos cofres do Estado. É dessa fase, também, o episódio da deposição do diretor do jornal Agnelo Alves, do cargo de prefeito eleito de Natal. O jornal mantinha coluna de pequenas notícias e comentários na primeira página. Uma madrugada, quando só os operários preparavam o jornal, chegou uma mulher, em carro particular, bateu à porta até ser atendida pelo encarregado da oficina. Dizia-se portadora de um bilhete de Agnelo mandando incluir uma nota naquela secção mesmo que, por falta de espaço, tivesse de substituir qualquer outra.
A nota referia-se a jogador recrutado do América Futebol Clube, cujo prenome era semelhante ao do Comandante da Guarnição Militar, e o objetivo dos seus autores era registrar a maliciosa referência ao general Hidelbrando Duque Estrada. Por conta desse grotesco episódio, foram presos, no dia seguinte, o prefeito da capital, Agnelo Alves, diretor do jornal, Cassiano Arruda, editor, e mais Baltazar Pereira, chefe das oficinas e João Anselmo, linotipista.
Tudo fora montado para forçar a Câmara Municipal a declarar impedido o prefeito eleito. A farsa foi denunciada, mostrando-se a falsidade de assinatura de Agnelo no bilhete. Os serviços técnicos da Polícia constataram a falsidade. Os serviços técnicos do 4º Exército confirmaram o mesma letra em seu laudo. Mesmo assim, para ganhar tempo até a deposição, o general Duque Estrada mandou submeter a letra ao exame da Polícia Federal, em Brasília, que chegou à mesma conclusão.
Com as conclusões dos três laudos, Aluízio pediu a liberdade de Agnelo, pois os outros já haviam sido libertados. Mas, o general Duque Estrada ainda exigiu o laudo do famoso técnico Henrique Eboli, do Rio de Janeiro. As conclusões foram também pela falsificação grosseira. Todas essas manobras de adiamento visavam ganhar tempo até que fosse quebrada a resistência da maioria dos vereadores.
Nessa altura, atendendo a conselho do próprio Agnelo, que não desejava que vereadores seus correligionários sofressem violência semelhante a que vinha enfrentando – alguns deles se encontravam ameaçados e presos na Base Aérea, – a Câmara Municipal, por maioria, decidiu pelo impedimento. Agnelo foi libertado. O objetivo fora conseguido. E toda aquela “exaustiva” apuração sobre o bilhete e a nota foi simplesmente esquecida.
Em 13 de dezembro de 1968, o governo militar baixou o Ato Institucional nº 5 (AI-5), fechando o congresso e cassando vários políticos de oposição. O nome de Aluízio Alves estava na lista dos cassados publicada pelo governo em fevereiro do ano seguinte. Os irmãos Agnelo Alves e Garibaldi Alves, então deputado estadual, também foram cassados. Os três estavam proibidos de participar de qualquer atividade política por 20 anos. O ato inaugurou, também, uma nova série de perseguições que objetivavam sufocar financeiramente as empresas de Aluízio Alves. Nenhuma dessas tentativas conseguiu êxito.
Em 1973, a CGI do Ministério da Justiça arquivou o processo cotnra Aluízio por falta de provas.
